هل تريد التطوع في مشروع علمي دون عناء يذكر !!! (طي البروتين)؟!

[محمد عبدالعزيز عبدالله]

بسم الله أبدأ
السلام عليكم

من المعلوم أن الكثير منا لا يستخدم أقصى إمكانيات حاسوبه و إن كان من من يستخدمه يستخدم قدر كبير منه فإن هناك لحظات بالتأكيد يكون فيها الحاسوب يعمل على أدنى إمكانياته

ما علاقة هذا بموضوعنا؟(أرجوا أن تبقوه لحينه)

طي البروتين:
هناك دراسة علمية في جامعة ستانفورد الأمريكية على البروتينات حيث أكتشف أن البروتينات ربما عدة أنواع منها لها نفس التركيب و لكن تختلف في الشكل وهذا الاختلاف يجعل وظيفتها مختلفة فيما يسمى بـ(الطي) Folding.
و بدراسة الطي يمكننا فهم أشياء كثيرة في أجسادنا
و لكن لدراسة هذه الوظيفة لا يمكننا ملاحظتها لسرعة حدوثها ( سبحان الخالق)
لذلك كانت الحاجة للمحاكة على الحواسيبsimulation و هي ببساطة دراسة ما يحدث و لكن على الحواسيب من خلال برامج تم برمجتها لهذا الأساس.
ولكن عند محاكة هذه العملية وجد أن النانو ثانية الواحدة تحتاج ليوم كامل من الحواسيب و بحساب ذلك وجد أن عملية الطي الواحدة بحاجة لإجراء ١٠آلاف يوم من الحاسب أى ما يقارب ٣٠ عام تقريباً .

و لحل هذه المشكلة لجأت جامعة ستانفورد إلى الحوسبة الموزعة(Distributed computing)
و ذلك بوضع برنامج على عدة أجهزة ليقوموا باستخدامها لعمل المحاكة على أكثر من حاسوب و ذلك من أجل الوقت بكل تأكيد

هل تذكرون كلمي بالأعلى عن استخدام حواسيبنا
هذا ما قامت به جامعة ستانفورد في مشروع يسمى Folding@Home(فولدينج آت هوم) أو عبر متطوعين يقومون بوضع برنامج على حواسييبهم من أجل أن تستخدم الجامعة أجهزتهم في هذه العمليات. هذا البرنامج يقوم باستخدام الجزء الذي لا يحتاجه المستخدم من حاسوبه بطريقة لا يشعر بوجوده و يمكن إيقاف عمله وقت الحاجة للعمل بكامل طاقة الحاسوب
و قامو بعمل عدة برامج بحيث تستخدم نواه واحدة أو كامل الأنوية أو كروت الشاشة مثل نفيديا
و متاح لأنظمة التشغيل ويندوز و لينكس و ماك
و المستغرب أنه متاح أيضا لبلاي ستاشن ٣(PS3)
لمن يريد المشاركة:

موقع المشروع:http://folding.stanford.edu/Arabic/Main
موقع لأحد برامج المشروع:http://fahmon.net/ (مرخص تحت GPL)

المصدر:
عرب هاردوير
١-http://www.arabhardware.net/forum/showthread.php?t=103928
٢- كيفية تركيب البرنامج (متاح شرح لديبيان و رد هات):http://www.arabhardware.net/forum/sh...d.php?t=117586

[أشرف خلف]

شكرا على الخبر
أخيييييرا الفولدينج على لينكس
أمر عجيب أن يتأخر عمل الفولدينج على لينكس ... أنا أعمل فولدينج منذ سنوات ضمن قريق عرب هاردوير
يمكن عمل فريق لمجتمع لينكس العربي

[عبدالرحمن الخميس]

مشروع جداً ممتاز !

اعتقد الكثير منّا لديه جهاز او سيرفر ﻻ يستخدم الكثير من موارده

خصوصاً للسيرفرات المنزلية ..

افترح نننشئ فريق لمجتمع لينكس العربي .. ونسوي طي تحت اسم هذا الفريق

[عبدالرحمن الخميس]

صراحة الفكرة حمستني .. ﻻني عندي سيرفر ومن جد فيه موارد منه مو قاعد استفيد منها ..

من باب المبادرة , أنشئت فريق بإسم مجتمع ليونكس العربي .. اتمنى انه مافيه مشكلة مع اﻻخوة مشرفين المنتدى ..

اسم الفريق : linuxac
رقم الفريق : 198533

والصورة المرفقة توضح نجاح إنشاء الفريق ..



الليلة بإذن الله راح اعمل على تركيب الطي على السيرفر حقي ..

تحياتي لكم جميعاً

[Albakry]

لتوضيح ما تقدم به الأخ The Nubian Muha مشكورا هذا مثال لعملية طي Folding لبروتين بسيط وهو Chymotrypsin inhibitor (مثبط الكيموتربسين). ترون على هذه الصورة سلسلة الأحماض الأمينية (المكون الأساسي للبروتينات) وعددها يتجاوز المئة على شكل شريط قبل عملية الطي (إلى الشمال) وبعدها (إلى اليمين).

هذه البنية ثلاثية الأبعاد تتخذها البروتينات للقيام بوظائفها، على سبيل المثال يقوم هذا البروتين بالإرتباط بإنزيم هاضم، الكيموتربسين، للحد من نشاطه. كصورة تقريبية يشبه هذا الإرتباط عملية التكامل بين القفل والمفتاح. وهناك عدد كبير من الأمراض التي تنشأ عن إختلال هذه العملية (مرض الزهايمر، متلازمة باركينكسون، وعدد كبير من الأورام، ... عافانا وعافكم الله). لهذا تشكل دراسة هذه الآليات مرحلة مهمة في فهم هذه الأمراض وإيجاد علاجاتها. الحصول على الإحداثيات ثلاثية الأبعاد لذرات البروتين يحتاج إلى قوة حوسبة هائلة تتناسب مع كبر البروتين وتنوع تركيبه. لذلك يعمل هذا المشروع على الإستفادة من موارد شبكة من الحواسيب (Grid computing) لتسريع هذه الحسابات.

[عبدالرحمن الخميس]

صورة من بدء عملية الطي عندي ..

[محمد قاسم]

السلام عليكم
جزاك الله خيرا على الخبر الرائع
لكن عندي استفسار كيف أشارك وأنزل البرنامج على توزيعتي

[محمد قاسم]

يبدو أنني لم أقرأ الخبر جيدا عذرا لذلك
عموما هذه هي طريقة التسجيل من موقع عرب هارد وير (حتى لا يأتي شخص مثلي ويقول كيف أسجل )
تنصيب العميل على انظمة لينكس المبنيّة على ديبيان و ريدهات

سنقوم بإنشاء مستخدم مخصّص لعميل الطيّ فقط ولا يوجد لديه صلاحيّات أخرى ولا حتى كلمة مرور أو سطر أوامر كامل من أجل توفير حماية أعلى للنّظام.

لإنشاء المستخدم

نفّذ الأوامر التّاليّة بواسطة المستخدم جذر.

كود:
useradd -d /art/folding -r folding
كود:
mkdir -p /art/folding
كود:
chown folding.folding /art/folding
الأوامر أعلاه ستقوم بإنشاء مستخدم ..إنشاء مجلّد خاص بالمستخدم...إعطاء المستخدم صلاحيّات على المجلّد

كود:
wget -c http://www.vendomar.ee/~ivo/finstall -O /art/folding
الأمر أعلاه سوف يقوم بتحميل ملف تنصيب العميل
كود:
chmod +x finstall
الأمر أعلاه سيحعل من السكريبت قابل للتّنفيذ

الآن حوّل للمستخدم folding

كود:
su - folding
ومنّ ثم نفّذ الأمر التالي

كود:
/bin/bash ./finstall
الأمر التالي سيبدأ عمليّة التنصيب أثناء العملية سيقوم السكريبت بسؤالك الأسئلة التالية: (مضاف للأسئلة الأجابات المقترحة)
كود:
Do you want to read finstall FAQ (yes/no?): n (I’ve read it a few times now, this one is up to you)

Is this the correct MD5SUM value of FAH504-Linux.exe (yes/no?): y (double check if you like here.)

Do you want to use any of these 3rd party FAH utilities (y/n)?: y

Do you want to use automatic MachineID changing (y/n)?: y

Do you want to use it for this client and for all remaining configureless clients as well (y/n)?: y
بعد ذلك سيسألك عن اسمك وفريقك لا تنس عند الفريق وضع فريق linuxac ورقمه 198533

الآن آخر الخطوات

اخرج من بيئة المستخدم folding باستخدام الأمر exit

ومن ثمّ نفذ الاوامر التالية

كود:
cp foldingathome/folding /etc/init.d/
تأكد من أنّك موجود داخل المجلد /art/folding عند التنفيذ

كود:
update-rc.d folding defaults
الأمر أعلاه سيقوم بإضافة الخدمة folding لخدمات أنظمة ديبيان الافتراضية إذا كنت تستخدم احد الأنظمة التي تعتمد ديبيان مثل ابنتو فهذا الأمر الذي تحتاجه ^ وهو سيجعل الخدمة تعمل بشكل تلقائي بعد إعادة التشغيل

أمّا إذا كنت تستخدم الانظمة التي تعتمد ريدهات كفيدورا مثلاً فهذا الامر الذي تحتاجه

كود:
chkconfig folding on
---
كود:
chmod 4775 foldingathome/folding
الأمر اعلاه سوف يقوم بتغيير الصلاحيّات على المجلّد

---
قاربنا على الإنتهاء

الآن لبدأ عملية الطي

على الأنظمة التي تعتمد ديبيان
كود:
/etc/init.d/folding start
على الأنظمة التي تعتمد ريدهات

كود:
service folding start
لايقاف الخدمة

ديبان

كود:
/etc/init.d/folding stop
ريد هات

كود:
service folding stop