dl,system,exec,passthru,shell_exec
علي حسب مافتكر بقي بس انك تعطل الدوال او انك تشغلها مش بتفرق كتير
لان في الغالب الكل بيهتم بعمل secure لل php بس وبيتنسي البيرل
Turn off Register Globals
ديت اظن عشان خاطر الاكسبليوتس الي بتطبق من الدوس في ال rfi تقريبا !!!
علي العموم googleخير دليل

طالما مركب suEXEC ليه بتقفل الدوال أصلا!!!!!!

جرب كدا حط php.ini في أي فولدر عندك و أرفع أي سكربت بينفذ أوامر php فيه دوال أنت كنت مانعها.. أو حتى أرفع any php shell و هتلاقي إن مفيش أي حاجة من اللي أنت كنت حاطتها في الphp.ini الأساسي في السرفر.

phpSUEXEC is so LAME

بخصوص كلامك عن الدوال اللي ممكن تغلق و الناس بتنساها مغلقة فمعلش لإن إختياراتك بتكون غلط، لكن في دوال فعلا لازم تفضل مقفولة لإن ثغراتها بتتحل لكن في ثغرات تانية ليها موجودة! زي مثال symlink اللي بقالها قرررررررن فيها ثغرة رغم أن الديفولبرز قالو إنهم حلو الثغرة بتاعتها لكن حتى هذه اللحظة الثغرة موجودة وشغالة حتى على 4.4.7 اللي نازل من يومين! و زي أمثلة كتيرة تانية عن دوال كتيرة و لو تفتكر دالة copy السنة اللي فاتت اللي تخيل لحد دلوقت فيها ضعف آمني؟

أما بخصوص الدوال فتختلف من سرفر لسرفر و من أدمن لأدمن و اللي هيقوله سفاح غير اللي هيقوله بتنجان البتنجاني أو فلان الفلاني لإن كل واحد شايف إن في خطر في دوال معينة بيحجبها.. طبعا سيبك من العالم بتاعت الCopy& Paste !

و الدوال اللي قالها ستورم لازم تتحجب من غير تفكير..