إعـــــــلان

تقليص
لا يوجد إعلان حتى الآن.

هل تريد التطوع في مشروع علمي دون عناء يذكر !!! (طي البروتين)؟!

تقليص
X
 
  • تصفية - فلترة
  • الوقت
  • عرض
إلغاء تحديد الكل
مشاركات جديدة

  • هل تريد التطوع في مشروع علمي دون عناء يذكر !!! (طي البروتين)؟!

    بسم الله أبدأ
    السلام عليكم
    من المعلوم أن الكثير منا لا يستخدم أقصى إمكانيات حاسوبه و إن كان من من يستخدمه يستخدم قدر كبير منه فإن هناك لحظات بالتأكيد يكون فيها الحاسوب يعمل على أدنى إمكانياته

    ما علاقة هذا بموضوعنا؟(أرجوا أن تبقوه لحينه)

    طي البروتين:
    هناك دراسة علمية في جامعة ستانفورد الأمريكية على البروتينات حيث أكتشف أن البروتينات ربما عدة أنواع منها لها نفس التركيب و لكن تختلف في الشكل وهذا الاختلاف يجعل وظيفتها مختلفة فيما يسمى بـ(الطي) Folding.
    و بدراسة الطي يمكننا فهم أشياء كثيرة في أجسادنا
    و لكن لدراسة هذه الوظيفة لا يمكننا ملاحظتها لسرعة حدوثها ( سبحان الخالق)
    لذلك كانت الحاجة للمحاكة على الحواسيبsimulation و هي ببساطة دراسة ما يحدث و لكن على الحواسيب من خلال برامج تم برمجتها لهذا الأساس.
    ولكن عند محاكة هذه العملية وجد أن النانو ثانية الواحدة تحتاج ليوم كامل من الحواسيب و بحساب ذلك وجد أن عملية الطي الواحدة بحاجة لإجراء ١٠آلاف يوم من الحاسب أى ما يقارب ٣٠ عام تقريباً .

    و لحل هذه المشكلة لجأت جامعة ستانفورد إلى الحوسبة الموزعة(Distributed computing)
    و ذلك بوضع برنامج على عدة أجهزة ليقوموا باستخدامها لعمل المحاكة على أكثر من حاسوب و ذلك من أجل الوقت بكل تأكيد

    هل تذكرون كلمي بالأعلى عن استخدام حواسيبنا
    هذا ما قامت به جامعة ستانفورد في مشروع يسمى [email protected](فولدينج آت هوم) أو عبر متطوعين يقومون بوضع برنامج على حواسييبهم من أجل أن تستخدم الجامعة أجهزتهم في هذه العمليات. هذا البرنامج يقوم باستخدام الجزء الذي لا يحتاجه المستخدم من حاسوبه بطريقة لا يشعر بوجوده و يمكن إيقاف عمله وقت الحاجة للعمل بكامل طاقة الحاسوب
    و قامو بعمل عدة برامج بحيث تستخدم نواه واحدة أو كامل الأنوية أو كروت الشاشة مثل نفيديا
    و متاح لأنظمة التشغيل ويندوز و لينكس و ماك
    و المستغرب أنه متاح أيضا لبلاي ستاشن ٣(PS3)
    لمن يريد المشاركة:

    موقع المشروع:http://folding.stanford.edu/Arabic/Main
    موقع لأحد برامج المشروع:http://fahmon.net/ (مرخص تحت GPL)

    المصدر:
    عرب هاردوير
    ١-http://www.arabhardware.net/forum/showthread.php?t=103928
    ٢- كيفية تركيب البرنامج (متاح شرح لديبيان و رد هات):http://www.arabhardware.net/forum/sh...d.php?t=117586
    ظاهرة " الفرنكو آراب " مخطط أمريكي للقضاء علي اللغة العربية && قصة الإسلام
    أيام الأسماء المستعارة كنت أدعى : The Nubian Muha

  • #2
    شكرا على الخبر
    أخيييييرا الفولدينج على لينكس
    أمر عجيب أن يتأخر عمل الفولدينج على لينكس ... أنا أعمل فولدينج منذ سنوات ضمن قريق عرب هاردوير
    يمكن عمل فريق لمجتمع لينكس العربي
    افتح القوس يابني وحط السودان ( العراق أفغانستان لبنان فلسطين الشيشان السودان
    وسيب القوس مفتوح

    تعليق


    • #3
      مشروع جداً ممتاز !

      اعتقد الكثير منّا لديه جهاز او سيرفر ﻻ يستخدم الكثير من موارده

      خصوصاً للسيرفرات المنزلية ..

      افترح نننشئ فريق لمجتمع لينكس العربي .. ونسوي طي تحت اسم هذا الفريق
      With Great Power Comes Great Responsibility

      تعليق


      • #4
        صراحة الفكرة حمستني .. ﻻني عندي سيرفر ومن جد فيه موارد منه مو قاعد استفيد منها ..

        من باب المبادرة , أنشئت فريق بإسم مجتمع ليونكس العربي .. اتمنى انه مافيه مشكلة مع اﻻخوة مشرفين المنتدى ..

        اسم الفريق : linuxac
        رقم الفريق : 198533

        والصورة المرفقة توضح نجاح إنشاء الفريق ..



        الليلة بإذن الله راح اعمل على تركيب الطي على السيرفر حقي ..

        تحياتي لكم جميعاً
        With Great Power Comes Great Responsibility

        تعليق


        • #5
          لتوضيح ما تقدم به الأخ The Nubian Muha مشكورا هذا مثال لعملية طي Folding لبروتين بسيط وهو Chymotrypsin inhibitor (مثبط الكيموتربسين). ترون على هذه الصورة سلسلة الأحماض الأمينية (المكون الأساسي للبروتينات) وعددها يتجاوز المئة على شكل شريط قبل عملية الطي (إلى الشمال) وبعدها (إلى اليمين).

          هذه البنية ثلاثية الأبعاد تتخذها البروتينات للقيام بوظائفها، على سبيل المثال يقوم هذا البروتين بالإرتباط بإنزيم هاضم، الكيموتربسين، للحد من نشاطه. كصورة تقريبية يشبه هذا الإرتباط عملية التكامل بين القفل والمفتاح. وهناك عدد كبير من الأمراض التي تنشأ عن إختلال هذه العملية (مرض الزهايمر، متلازمة باركينكسون، وعدد كبير من الأورام، ... عافانا وعافكم الله). لهذا تشكل دراسة هذه الآليات مرحلة مهمة في فهم هذه الأمراض وإيجاد علاجاتها. الحصول على الإحداثيات ثلاثية الأبعاد لذرات البروتين يحتاج إلى قوة حوسبة هائلة تتناسب مع كبر البروتين وتنوع تركيبه. لذلك يعمل هذا المشروع على الإستفادة من موارد شبكة من الحواسيب (Grid computing) لتسريع هذه الحسابات.

          تعليق


          • #6
            صورة من بدء عملية الطي عندي ..

            With Great Power Comes Great Responsibility

            تعليق


            • #7
              السلام عليكم
              جزاك الله خيرا على الخبر الرائع
              لكن عندي استفسار كيف أشارك وأنزل البرنامج على توزيعتي

              تعليق


              • #8
                كيفية التسجيل

                يبدو أنني لم أقرأ الخبر جيدا عذرا لذلك
                عموما هذه هي طريقة التسجيل من موقع عرب هارد وير (حتى لا يأتي شخص مثلي ويقول كيف أسجل )
                تنصيب العميل على انظمة لينكس المبنيّة على ديبيان و ريدهات

                سنقوم بإنشاء مستخدم مخصّص لعميل الطيّ فقط ولا يوجد لديه صلاحيّات أخرى ولا حتى كلمة مرور أو سطر أوامر كامل من أجل توفير حماية أعلى للنّظام.

                لإنشاء المستخدم

                نفّذ الأوامر التّاليّة بواسطة المستخدم جذر.

                كود:
                useradd -d /art/folding -r folding
                كود:
                mkdir -p /art/folding
                كود:
                chown folding.folding /art/folding
                الأوامر أعلاه ستقوم بإنشاء مستخدم ..إنشاء مجلّد خاص بالمستخدم...إعطاء المستخدم صلاحيّات على المجلّد

                كود:
                wget -c http://www.vendomar.ee/~ivo/finstall -O /art/folding
                الأمر أعلاه سوف يقوم بتحميل ملف تنصيب العميل
                كود:
                chmod +x finstall
                الأمر أعلاه سيحعل من السكريبت قابل للتّنفيذ

                الآن حوّل للمستخدم folding

                كود:
                su - folding
                ومنّ ثم نفّذ الأمر التالي

                كود:
                /bin/bash ./finstall
                الأمر التالي سيبدأ عمليّة التنصيب أثناء العملية سيقوم السكريبت بسؤالك الأسئلة التالية: (مضاف للأسئلة الأجابات المقترحة)
                كود:
                Do you want to read finstall FAQ (yes/no?): n (I’ve read it a few times now, this one is up to you)

                Is this the correct MD5SUM value of FAH504-Linux.exe (yes/no?): y (double check if you like here.)

                Do you want to use any of these 3rd party FAH utilities (y/n)?: y

                Do you want to use automatic MachineID changing (y/n)?: y

                Do you want to use it for this client and for all remaining configureless clients as well (y/n)?: y
                بعد ذلك سيسألك عن اسمك وفريقك لا تنس عند الفريق وضع فريق linuxac ورقمه 198533

                الآن آخر الخطوات

                اخرج من بيئة المستخدم folding باستخدام الأمر exit

                ومن ثمّ نفذ الاوامر التالية

                كود:
                cp foldingathome/folding /etc/init.d/
                تأكد من أنّك موجود داخل المجلد /art/folding عند التنفيذ

                كود:
                update-rc.d folding defaults
                الأمر أعلاه سيقوم بإضافة الخدمة folding لخدمات أنظمة ديبيان الافتراضية إذا كنت تستخدم احد الأنظمة التي تعتمد ديبيان مثل ابنتو فهذا الأمر الذي تحتاجه ^ وهو سيجعل الخدمة تعمل بشكل تلقائي بعد إعادة التشغيل

                أمّا إذا كنت تستخدم الانظمة التي تعتمد ريدهات كفيدورا مثلاً فهذا الامر الذي تحتاجه

                كود:
                chkconfig folding on
                ---
                كود:
                chmod 4775 foldingathome/folding
                الأمر اعلاه سوف يقوم بتغيير الصلاحيّات على المجلّد

                ---
                قاربنا على الإنتهاء

                الآن لبدأ عملية الطي

                على الأنظمة التي تعتمد ديبيان
                كود:
                /etc/init.d/folding start
                على الأنظمة التي تعتمد ريدهات

                كود:
                service folding start
                لايقاف الخدمة

                ديبان

                كود:
                /etc/init.d/folding stop
                ريد هات

                كود:
                service folding stop

                تعليق

                يعمل...
                X